Die unmittelbar neben der Johanneskirche befindliche Michaelskapelle
wird urkundlich erstmals 1383 genannt, sie stammt
aber mit Sicherheit aus der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts. Die
Kapelle war im Inneren ursprünglich flach gedeckt, das heute
noch bestehende Kreuzrippengewölbe stammt vom Ende des
15. Jahrhunderts. Die Wandmalereien im Gratgewölbe des
Chorschlusses hingegen stammen bereits aus der Zeit um
1470/80, sie zeigen den thronenden Christus, umgeben von
Engeln und den Evangelistensymbolen. Die dekorative Malerei
im Langhaus steht noch in mittelalterlicher Tradition, wurde
aber erst bei der Umgestaltung durch Propst Georg Ursylvanus
1587 aufgetragen. Auf einer sehr tiefen Putzschicht finden
sich in der Apsis vier Weihekreuze.
Die Michaelskapelle diente ursprünglich wohl als Grabkapelle, bis zur Restaurierung 1966- 1968 war sie als Sakristei in Verwendung. Die hier aufgestellten Grabplatten, die älteste stammt aus dem 13. Jahrhundert, befanden sich ursprünglich in einem der Zwettler Friedhöfe und kamen erst im Zuge der Restaurierung in die Kapelle.
